Fiziksel temizlik ve dezenfeksiyon birbirinin alternatifi değil, aynı sürecin iki adımıdır.
Dezenfeksiyon, temiz olmayan bir yüzeyde beklenen etkiyi göstermez. Bu nedenle önce tortu ve biyofilm mekanik olarak uzaklaştırılır, ardından dezenfektan uygulanır.
Uygulamada üç parametre belirleyicidir: doğru ürün, doğru konsantrasyon ve doğru bekleme süresi. Bu üçü sağlanmadığında işlem tamamlanmış sayılmaz.
Uygulama sonrası durulama ve kontrollü doldurma yapılır. Talep edilmesi hâlinde numune alınarak laboratuvar analizi ile süreç belgelenebilir.